In de tweede helft van de zestiende eeuw braken roerige tijden aan. De tachtigjarige oorlog ving aan in 1568 en leidde er onder meer toe dat de Prins van Oranje-Nassau niet langer meer in Breda woonachtig kon blijven, doch noordelijker in de Nederlanden verbleef. Er was sprake van krijgsgeweld op allerlei plaatsen in de Nederlanden. In maart 1590 maakte echter prins Maurits zich bij verrassing (turfschip) meester van de stad Breda. De uitoefening van de katholieke eredienst werd verboden, de Grote Kerk werd gegeven aan de protestanten, terwijl de Wendelinuskapel, die de Begijnen in gebruik hadden, werd afgestaan aan de Waalse gemeente. De Begijnen hoefden echter hun hof niet te verlaten. Zij hadden dit te danken aan de bijzondere bescherming van prins Maurits, die aldus de belofte nakwam van de hiervoor reeds genoemde Hendrik III van Nassau. Maurits gaf daartoe een door hem getekende akte uit, waarin onder meer wordt gesteld: “Doen te weten, dat wij […] midts dezen in onze bescherminge, ende sauvegarde het Baghijnhoff deser stadt, staende in de Katerstrate, eensamentlijck allen de Baghynen, religieusen ende inwoonderen desselfs met heure goederen, roerende ende onroerende, egheene uytgesondert; ordonneren ende bevel uluyden daeromme wel expresselick op pene van in onze ongenade te vallen, nyemanden van den bovengenoempden Baghynen of inwoonderen aen lijf ofte goederen te beschadigen, hinderen of crencken, maer hun vry en vranck te laten woonen, heure goederen besitten ende het effect deser onzer sauvegarde volcommelick genyeten.”
Prins Maurits bleef verder zijn gegeven woord getrouw door het Begijnhof steeds in bescherming te nemen indien zich bij hen een probleem voordeed. Blijkens archiefstukken intervenieerde hij bij incidenten ten gunste van de begijnen ondermeer op 12 augustus 1609 en 4 mei 1624.
Betere tijden braken aan voor de Bredase katholieken toen in 1625 onder leiding van veldheer Spinola de stad door Spaanse troepen werd ingenomen. Tijdens dit Spaanse tussenbewind, dat zou doorlopen tot 1637, werd de Wendelinuskapel weer Begijnenkerk. Op 6 oktober 1637 werd echter Breda weer ingenomen door de Staatse troepen onder leiding van Frederik Hendrik. In de voorwaarden van overgave, welke op de volgende dag werden getekend, werd uitdrukkelijk beloofd: “dat de twee cloosters van nonnen en begynen sullen gehouden werden in sulcker manieren, als se gheweest zijn voor den jaere 1625 ten tyde van de regheringhe van de van de Ho Mo Heeren Staeten-Generael”
Ondanks deze bepaling bleven de begijnen bevreesd dat zij hun hof zouden moeten verlaten. Zij verzochten daarom prins Frederik Hendrik hen onder zijn bijzondere bescherming te willen nemen, waarbij ze hem in herinnering brachten de eerdere uitdrukkelijke belofte van Hendrik III, graaf van Nassau. Vervolgens verklaarde Frederik Hendrik met een door hem op 5 november 1637 getekende oorkonde dat het gehele Begijnhof met alle daarop wonende personen onder zijn persoonlijke bescherming geplaatst was. Ook de Wendelinuskapel bleef bij de begijnen in gebruik.
Pas de vrede van Münster (1648), gevolgd door het Plakkaat van 16 juni 1648, waarbij aan alle katholieke geestelijken het verblijf in Staats Brabant werd verboden en alle katholieke kerken en kapellen gesloten werden verklaard, maakte een einde aan deze situatie. Op 13 juli werd de Begijnenkerk aan de gereformeerden in gebruik gegeven. Op 3 januari 1649 vernieuwde stadhouder Willem II echter de sauvegarde voor het Begijnhof en bepaalde tevens dat de toegang van de Waalse kerk naar het Begijnhof moest worden dichtgemetseld en vervangen moest worden door een rechtstreekse nieuwe ingang aan de Catharinastraat voor de Waalse kerk, zodat de gereformeerden niet via het Begijnhof de aan hen toegewezen kerk zouden betreden. Daarmee was de scheiding van Begijnhof en de Wendelinuskapel voor immer een feit geworden. Tegelijkertijd was echter daarmee ook het rustig voortbestaan van het Begijnhof verzekerd.